Puigal hakati haridust andma aastal 1991, kui siin alustas tööd Võrusoo Põhikooli filiaal. Esimesse klassi läks toona 19 õpilast ja nende klassijuhatajaks sai õpetaja Ruth Veske. I klass võeti vastu Võrusoo Põhikoolis, kuid esimene tund toimus Puigal. Kevadel lahkus neli õpilast linnakooli.
Järgmisel õppeaastal 1992/1993 alustas haridusteed 8 õpilast, klassijuhatajaks oli neil õpetaja Anneli Laansalu. Kool tegutses Soo kooli filiaalina Puiga lasteaiaga ühes majas. Peagi jäid ruumid kooliõpilastele ja lasteaialastele kitsaks.
1993. a tuli esimesse klassi 12 õpilast ja klassijuhatajaks oli õpetaja Kersti Kattai. Kool jätkas Puiga Lasteaed-Algkooli nime all. Alates sellest õppeaastast toimus õppetöö kahes vahetuses: hommikul ja õhtul.
1994/95 õppeaastal liideti I ja III klass. Klassijuhatajana jätkas õpetaja A. Laansalu.
Lasteaia ruumid jäid koolile järjest kitsamaks. Taheti teha juurdeehitus või ehitada lasteaiale peale teine korrus, kuid leiti et maja vundament on selleks liiga nõrk.
Tol ajal oli Võru vallavolikogu esimees Heino Kuusik ja ta võitles selle eest, et Puigal oleks kindlasti kool. Lõpuks leiti lahendus - tühjana seisnud endine ühismajandi kontorihoone remonditi ja anti kooli käsutusse.
1. septembril 1995. a avati pidulikult uus kool - Puiga Algkool.
Lasteaia majaga jäeti hüvasti ja liiguti rongkäiguna koolimaja juurde, kus pidulikult lõigati läbi lint. Avati kooli nimesilt. Meeleolu loomiseks mängis orkester ja laulis Kolepi segakoor.
Puiga Algkooli juhatajaks sai Anneli Laansalu. Majandusjuhataja oli Arno Tolga. Sel ajal ei olnud veel koolil oma sööklat. Söömas käidi lasteaias. Kooli avamisel osalesid ka Võru vallavanem Helgi Riigov ja vallavolikogu esimees Heino Kuusik. Tema sooviks oli mõne aasta pärast avada Puigal juba põhikool. Kooli valmimisele aitasid kaasa OÜ Ehitaja, AS Kurmik ja OÜ Torel. Aktus lõppes tammepuukese istutamisega. Kooliteed alustas 55 õpilast.
1998.a. muudeti algkool põhikooliks. Laste pealekasv oli tol ajal suur. Kooli direktoriks sai Astrid Org.
1998. a valmis kooli esimene juurdeehitus. 1999. a kevadel rajati kooli park. Pargi-idee algataja oli kooli direktor Astrid Org. Nõu ja jõuga olid abiks kooli aednik Helgi Moisto ja Räpina aianduskool. Puude istutamisel ja pargi rajamisel olid abiks ka õpetajad, õpilased, lapsevanemad ning külaelanikud. Puid istutasid ka tollane vallavanem Ülo Tulik ja volikogu esimees Heino Kuusik. Kooli traditsiooniks ongi saanud, et 1. septembril istutab esimene klass parki oma puu.

1999. a suvel kohandati kooli saal ümber võimlaks, kohaks, kus sai ka palli mängida. Loodi ka Puiga ajaloo esimene korvpallimeeskond. Esimene treener oli Sulev Kraam. 2000. a ehitati koolimaja juurde korralik korvpalliplats.
2001. a lõpetas põhikool esimene lend 12 õpilasega. Klassijuhataja oli Helgi Moisto.
2002. a sai kooli uueks direktoriks Mart Märdin ja majandusjuhatajaks Andi Kronberg.
17. novembril 2003. a valmis Puiga Põhikooli teine juurdeehitus. Puiga kool oli esimene 21. sajandi kooli programmis ehitatud koolimaja. Riik toetas juurdeehitust 1,3 miljoni krooniga, Võru vald 2 miljoni krooniga. Kool sai tänu juurdeehitusele suurema söögisaali, garderoobid, muusikaklassi ning eesti keele ja loodusainete kabineti. Koolimaja juurdeehituse ehitas OÜ Selista Ehitus. Lindi läbilõikamisel osalesid haridus- ja teadusminister Toivo Maimets, maavanem Mait Klaassen ja volikogu esimees Priit Süüden.
Kahel suvel, 2003. ja 2004. a, toimus Puiga Põhikoolis töö- ja puhkelaager. Laagri koordinaator oli õpetaja Kersti Kattai.
15. augustil 2004. a tunnistati Puiga Põhikool võitjaks Vabariigi Presidendi poolt väljakuulutatud konkursil “Kaunim kodu 2004”. Presidendi vastuvõtul käisid direktor Mart Märdin, majandusjuhataja Andi Kronberg ja aednik Katrin Kenk.
18. mail 2005. a avati kooli keldrikorrusel 7 trenažööriga jõusaal.
2005. a valmis õpetaja Avo Aia eestvedamisel metalliklass.
Kool sai III juurdeehituse 2008. a oktoobris. Valmis sai uus täismõõtmetega spordihoone, treeneriruum, riietusruumid koos saunadega ja jõusaal. Valmis ka uus nõuetekohane 23 õpilaskohaga arvutiklass, inglise keele klass ja logopeedi ruum.

2009. aastast võeti kasutusele internetipõhine eKooli süsteem.
Õpilaste arv on Puiga Põhikoolis aastate kestel kõikunud 54-152 vahel.
Direktorid:
1995 - 1998 Anneli Laansalu
1998 - 2002 Astrid Org
Alates 2002 Mart Märdin
Õppealajuhatajad:
1999 - 2000 Mart Õunpuu
Alates 2001 Maia Popman
Tiitlitega õpetajad:
1999 - õpetaja Lauri tiitel, Kersti kattai
2001/02 - aasta töötaja, Helgi Moisto
2001/02 - aasta õpetaja, Ruth Veske
2004 - aasta õpetaja, Mart Märdin
2005 - aasta õpetaja, Maia Popman (esindab Võrumaad)
Huviringid:
Mudilaskoor
Lastekoor
Ansambel
Vabaaja spordiring
Korvpall edasijõudnutele
Aeroobika
Rahvatants
Arvuti
Tehnikaring
Naharing
Saviring
Õpioskused
Ajalooring
Kodulooring
Näitering
Lennud:
1. lend - klassijuhataja Helgi Moisto 2001 (12 õpilast)
2. lend - klassijuhataja Ülle Lepp 2002 (7 õpilast)
3. lend - klassijuhataja Maia Popman 2003 (14 õpilast)
4. lend - klassijuhataja Maire Kobin 2004 (16 õpilast)
5. lend - klassijuhataja Tõnis Anton 2005 (17 õpilast)
6. lend - klassijuhataja Aimi Lessel 2006 (21 õpilast)
7. lend - klassijuhataja Helve Ruul 2007 (18 õpilast)
8. lend - klassijuhataja Meelis Reinberg 2008 (17 õpilast)
9. lend - klassijuhataja Maia Popman 2009 (13 õpilast)



Ajalugu

